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1943年3月，中共中央迭电催促长驻重庆的周恩来火速返回延安，参加中共党内高干的整风运动。周恩来一回到延安，毛泽东就给他来个下马威，劈头盖脸地批评他在同胡宗南办交涉时破坏党的纪律。（原来国民党强硬派想趁共产国际解散之机，欲以军事侵扰陕甘宁边区压中共在政治上做出让步。中央要求周恩来在回延安途中，随便到西安同国民党西北的最高军事将领胡宗南，交涉其部队侵扰陕甘宁边区一事。周恩来到西安后马上与胡宗南叙起“师生之谊”。两天后，周恩来致电延安：胡宗南进攻边区的部署并未进入行动阶段，我党为此在延安召开万人大会，并且通电全国一事则对国民党刺激太甚。建议该通电在重庆、西安暂缓印发。）毛泽东毫不留情地指责周恩来这样做完全是顾虑自己个人的安全，不敢对国民党方面示强。并甩出一句很重的话：“不要人在曹营心在汉！”本文摘自2015年3月3 日独立学者博客，原题为《毛泽东与周恩来的历史渊源》。
1974年5月30日，周恩来和毛泽东握手，这是两人最后一张合影
中共经过了九死一生的磨难，最辉煌的深刻终于来临！
一九四九年十月一日下午三时，中华人民共和国开国大典。提前三个小时，中午十二点，周恩来来到天安门城楼，把毛泽东三小时后登楼将要走得百级台阶，用那双一直端在小肚子上瘦弱的右手，一阶一阶按压。这个撅屁股弯腰的形象，周恩来从此后二十七年不变。
一九五三年三月五日晚上二十三时，周恩来没带秘书卫士，乘车来到中南海丰泽园。他直接走进南侧毛泽东的值班室，询问值班护士：“主席白天睡没睡觉？”护士急忙站起身来：“睡了，没睡着。”“吃没吃安眠药？吃了几片？”“两片，换新药了。”“新药有哪些副作用？”“吃多了会头晕。影响肝脏。”
周恩来把毛泽东的吃喝拉撒睡问了个遍，转到西北侧的菊香书屋。毛泽东坐在烟雾中，翻开的、卡着的、折着角的，茶几，沙发四处全是书。值班卫士端着一杯茶，像走太空步惦着脚尖，悄无声息地飘进，把茶杯放在周恩来面前，又无声无息地退出。周恩来替毛泽东换掉堆满烟蒂的大烟缸。值班卫士解释说：“主席不让我们进去打搅他，所以……”
周恩来摆摆手：“主席到现在还没有吃晚饭，你快去煮一茶缸麦片粥来。”
值班卫士悠着嗓子说：“早就煮好了，已经热过三次了。再热就成浆糊了。”
周恩来压低嗓门：“再去重新煮一茶缸新的。”
毛泽东扬起大手往下一扇：“不要倒掉浪费。粮食这么金贵。”
周恩来大声说：“我也饿了，两缸都端来吧！”值班卫士心领神会地笑笑。
“你这么晚来，是不是为了安排参加斯大林葬礼的事？新中国成立几年来，还没有一部真正完整的宪法。”毛泽东不紧不慢地说。
周恩来早就适应了毛泽东随意即兴，天马行空的谈话方式。他顺着毛泽东的思路说：“如果主席能写出一部宪法，可以算是中国的千年大计！”
毛泽东说：“什么千年大计万年大计！岁月不饶人呀，战争耗去了我们大半辈子。只有抓紧时间才能为人民办几件事情。我想到外地住些日子，静静心，组织几个人，起草一个大纲。日常的工作就有劳你和少奇了.”
周恩来停了两分钟：“主席放心吧，现在交通，电话联系都很方便。碰到什么事情我们会随时请示主席的。”
毛泽东从沙发上站起身来，慢吞吞走到窗前，看着夜空，长叹一声：“哎！没有斯大林，就没有苏联卫国战争的胜利。无论怎么说，他是我们社会主义大家庭的一位长老。他给予我们的帮助，我们是不应该忘记的……”
周恩来站在毛泽东侧面，嗓音略带伤感：“我就是来向主席汇报这件事情的，想请示主席，我们发消息和参加斯大林葬礼代表团的规格？”
毛泽东说：“我看，还是你去参加葬礼吧！”
周恩来试探地说：“这是一个重要的集会，我考虑主席是不是亲自去……”
毛泽东的手往下一挥：“我再同少奇他们商量一下，你就代表我去吧。”
周恩来点头说：“好吧！那我就先作准备。估计苏联方面很快就会公布追悼大会的日程。”
值班卫士端着两缸子麦片粥进来。周恩来抢先接过两个缸子，递给毛泽东一缸新煮的，自己留下后热的。
不知道毛泽东是习惯了君君臣臣的秩序，还是粗心，或是毛泽东的性格使然，懒得计较这类琐碎小事，亦或兼而有之。毛泽东没有客气，接过缸子坦然地喝将起来。如果换成周恩来与他的部下，他一定会虚情假意地推让一番，或是两人新旧对半，这就是毛泽东和周恩来的区别。
毛泽东气势磅礴——“要打过长江去！”“别了司徒雷登！”
周恩来鹦鹉学舌——“让淮河总前委随时做好渡江准备。”“我们要办共产党自己的外交。”
毛泽东雷霆大怒——“你离右派只剩下五十米远啦！”
周恩来战战兢兢——“我执行的路线是与主席促进方针相反的，是促退的，反冒进的后果是极其严重的……”他就像只垃圾箱，把脏的，烂的全部往自己肚子里装。
毛泽东稍有不悦——“你是大事不汇报，小事天天报。不看！”
周恩来唯唯诺诺——“我犯了经验主义的错误，造成了很坏的影响……”他忙不连迭地在政治局会议上做了八天检讨。
毛泽东无的放矢地泛泛而谈——“让秘书替自己写检讨，那是官僚主义。要不得！”
周恩来像惊弓之鸟，训斥敖红了眼睛的秘书——“我与主席‘风雨同舟，朝夕相处，荣辱与共’这样的话，在检讨里你怎么可以写哪？你引用这些成语，说明你们年轻人对党史知识知道的太少了。我和主席的关系在延安整风以前，我是犯了路线错误的。就是在延安整风以后，思想上有时还往往跟不上主席……”
……以上“场景”只是自一九四三年五月，周恩来回延安参加中共“延安整风”开始。至一九七六年一月，周恩来去世。这三十三年时间里。毛泽东，周恩来之间 “默契配合”的几个“片段”。从中对周恩来的“为臣侍君”之道，“只可顺守，不可逆取”心态可见一斑。（其中“只可顺守，不可逆取”这句话还是周恩来一九六四年九月，托当时正游走于香港、台湾之间，为国共牵线搭桥的“辛亥老人”章士钊传话，送给在国共合作中自己的老朋友，时任国民党的副总统陈诚。）这实际上也是周恩来后三十三人生所信守的政治哲学。
然而，一九四三年五月延安整风以前，毛泽东和周恩来是什么样的一种关系？恐怕知道的人不多。其缘由是众所周知的，是中共讳莫如深，“为尊者讳过”以及“民可使由之，不可使知之”的愚民政策造成的。
毛泽东和周恩来首次见面的确切时间是一九二六年三月二十日，在广州李富春的家里。这一天也是史称“三·二零中山舰事件”的发生之日。李之龙的中山舰事件，是大革命时期国共合作“蜜月期”的结束，也是国共两党分道扬镳的开始。
事件发生当日，正在广州的毛泽东、周恩来到李富春家一起分析形势，考虑对策。毛泽东极力主张进行反击，在作了全面详细的分析后。毛泽东表示：中共在北伐军和黄埔军校中所能掌控的军事力量，足以对付蒋介石。起码能对蒋介石下一步的行动有所节制，使他公开反共，清共的真面目有所收敛。可周恩来当时完全受中共 “太上皇”苏联政治顾问鲍罗廷和军事顾问季山嘉（古比雪夫）的摆布，主张退让妥协，不能破裂。他武断地否决了毛泽东的主张。结果中共党员被迫全体退出北伐军和黄埔军校，周恩来自己也被罢黜了北伐军第一军副党代表和黄埔军校政治部代主任的职务。
在随后的一年半时间里，中共有四万多党员或被杀、或离散、或退党、或改变政治信仰。其中不乏中共“泰斗”级的人物和新文化运动中知识分子的精英之士。中共在册党员从一九二六年“五大”前的五万七千多人锐减到一万人左右。共产党的组织也就此被迫潜藏“地下”长达十一年。（直到一九三六年十二月十二日，张学良、杨虎城的“西安兵谏”。华清池的枪声，对当时的中共来说不啻惊蛰日的第一声春雷。犹如久旱逢甘霖，从此重见天日无虞。）
为了这件事，陈独秀的儿子，时任中共广东区委书记的陈延年，气得大骂其父“老糊涂”，“混蛋！”中共党史长期以来，也一直将第一次国共合作破裂后，中共处于束手就擒，被动挨打的严酷境遇这一局面。归罪于是因为陈独秀在国共合作中，对国民党采取了退让妥协，软弱消极的结果。这实在是冤枉了陈独秀。事实上当时在中共党内最有独立意识的，除了毛泽东、陈延年、谭平山、张太雷、蔡和森等少数几个在关键时刻有个人立场的外，就数陈独秀了。顶撞苏联顾问最多的是陈独秀；不听共产国际招呼的是陈独秀；不愿做“儿子党”的是陈独秀；将共产国际的指示不作传达的是陈独秀。陈独秀一贯的“我行我素”，最终遭至共产国际，不得不对它底下三十多个“支部”之一的中国共产党“换帅”。
（共产国际之所以来这么一手，除去觉得陈独秀是个不唯唯诺诺，对莫斯科的指示从不惟命是从的“刺头”外，最为主要的原因是共产国际及斯大林，要将中国大革命“流产”，国共合作破裂的重大责任，推卸给中共自己来承担。而陈独秀作为中共“魁首”，他个人在性格秉性，为人处世上的缺陷与固执。在莫斯科看来更是能为他们承担责任的“替罪羊”。事实上第一次国共合作破裂的原因，主要是共产国际及斯大林对孙中山去世后，中国大革命形势走向的判断失误所至。更难辞其咎的苏联顾问在中共党内指手画脚，俨然以一副“老子党”自居。中共自身根本没有自主性和独立性可言。）
一九二七年八月七日，在汉口召开的中共“八七会议”上，以瞿秋白，苏兆征为主的临时中央，秉承共产国际的旨意，将陈独秀排挤出了中共领导层。会后李维汉代表临时中央，劝他去苏联修养，参加共产国际中国革命的研究工作。陈独秀坚持中国人的问题，中国人最了解。我是中国人，我要研究中国问题，为什么不能在中国研究？而要到莫斯科去研究。
陈独秀拒绝去苏联“研究”。以后的两年中，他依然我行我素，一九二八年五月共产国际通知陈独秀，请他参加六月在莫斯科召开的中共“六大”。陈独秀依然没有去。
一九二八年六月十八日至七月十日，在莫斯科的中共“六大”上，作为会议主要负责人的周恩来在他作的“组织问题和军事问题”报告中，对陈独秀的右倾机会主义和瞿秋白的左倾盲动主义，进行了无情的批判。
王若飞在会上反对把错误推在陈独秀一个人身上，他认为应该由中央集体负责。
蔡和森强调“五大”以后中央的右倾机会主义和左倾盲动主义，不是陈独秀，瞿秋白他们个人的责任，政治上的错误应该由政治局负责。
“六大”结束后王若飞被留在莫斯科“学习”。蔡和森回国后被撤掉了中央宣传部长职务。陈独秀没有选上中央委员和候补中央委员，也没有再分配工作，仅保留了党籍。
毛泽东没有参加会议，他当时正和朱德在井冈山做“山大王”呢！“六大”文件下来后。毛泽东给中央秘书长李立三写了个报告。他不赞成共产国际居高临下，做中共彻头彻尾的仲裁者。他认为陈独秀的问题，主要是在党内有家长作风，对共产国际有意见，没有同其他同志商量讨论。而大革命失败应该负主要责任的是共产国际；负最大责任的是苏联的政治顾问鲍罗廷和军事顾问季山嘉；（古比雪夫）其次才是陈独秀。
李立三看了报告后，很快呈交给了莫斯科。这就埋下了毛泽东后来在中央苏区，受排挤，受打击的种子。这也为毛泽东和李立三两个原本渊源很深的“湖南犟骡”埋下了一生都没有解开的“历史过结”。
中共“六大”后，斯大林曾经不无担心地问留在苏联的瞿秋白，张国焘：“陈独秀是否能找到必需的钱和获得其他的条件来办一份报纸，加入到反对派阵营。”张国焘回答：“不能。”
一九二九年四月十日，在上海中共机关担任中央组织部长兼军事部长的周恩来获悉了斯大林的担心后，不敢怠慢，赶紧拉上作为摆设的中共“总书记”向忠发。一起到陈独秀位于四川北路西面老耙子路（今武进路）陈独秀的家里，劝他回到共产国际的正确路线上来。陈独秀情绪极为低落，精神恍惚。（这一年多来的境遇使陈独秀悲怆欲绝、欲哭无泪、身心在悲愤、惊恐和恶梦中煎熬。一年内死了三个儿女。一九二七年六月二十六日，长子中共广东区委书记的陈延年，在上海龙华监狱被枪杀。一九二八年六月六日，次子中共江苏省委组织部长陈乔年，在陈延年被杀的同一地方被刀斩。一九二八年六月三十日，大女儿陈筱秀从安庆到上海，为弟弟料理后事，伤心过度，气绝身亡。接受大革命失败，“六大”落选，国民党蒋介石的通缉，东躲西藏，居无定所。）
针对周恩来指责他：“大革命失败你是有责任的，你对汪精卫过于信任。”陈独秀动了气：“我有什么责任？共产国际的代表，顾问不是天天坐在那儿指挥吗？什么事不经过他们？我现在只为生计，只想把我的《中国拼音文字草案》编撰好，眼下不想过问政治。”周恩来临走前说：“只要承认错误，可以留在党内继续工作。否则，党必须坚决予以严厉制裁。”陈独秀对周恩来，向忠发这次要求他承认错误的谈话未予接受。
然而，不久后发生的“中东路事件”，（亦称‘东清铁路’、‘东省铁路’自哈尔滨起西至满洲里、东至绥芬河、南至大连。由沙俄于一八九七年至一九零三年所筑。后改称‘中长铁路’）让陈独秀又一次欲罢不能地卷入了政治漩涡的中心。起因是由于苏联十月革命后，列宁在第一次对华宣言中说：“愿意将中国中东路及租让之一切矿产、树林全部之其他一切产业，一概无条件归还中国，毫无索价。但后来一直没有归还中东路，大革命时期，斯大林仍然不同意将中东路归还给中国。一九二九年五月二十七日。哈尔滨警方获悉苏联在哈尔滨总领事馆召开远东大会，奉命搜查苏联领事馆，挑起了“中东路事件”。一九二九年七月十日中东路督办吕荣寰下令武力接管中东路，将苏联五十九名高级职员遣送回国。一九二九年七月十三日，苏联政府向南京政府发出最后通牒。一九二九年七月十八日，苏联政府宣布与中国断交。一九二九年七月二十一日，中国收回中东路，中苏边境爆发了大规模武装冲突。
中东路事件发生后，共产国际连续向中共发出指示，提出“武装保卫苏联”，“变帝国主义战争为国内战争，变帝国主义进攻苏联的战争为拥护苏联的战争。”根据共产国际一系列指示，以周恩来，李立三为首的中共中央于一九二九年六月二十六日发表《八·一日口号》，提出“反对进攻苏联，拥护苏联革命胜利”，“变国际战争为国内战争”等口号。
陈独秀于一九二九年七月二十八日、八月五日、八月十一日、十月十日先后给中共中央写了四封信，他对中共的宣传口号和策略提出了疑问。他认为这些口号容易在 ‘国内产生误会，误会中共只认卢布，而不顾民族利益。’他建议取消这种口号。陈独秀认为‘革命的高潮，不会很快到来’。希望中共不要随便‘把基本群众领到大街上玩弄’。他认为周恩来，李立三等现在的中央常委脱离群众，脱离现实，‘以主观为客观，’是盲动主义的表现。
中共对陈独秀四封信的最终答复，是由刚从莫斯科回国，时任中共沪东区委书记陈韶禹（王明）起草了《关于陈独秀同志对中东路问题的机会主义》的报告。报告认为：“陈独秀的观点有害于党对中东路问题的路线，必须进行严厉的批判……这是明目张胆地反对共产国际，反六次大会，攻击党中央，攻击党党路线……陈独秀同志必须悬崖勒马，回到党的路线上来，维护党的利益。停住一切反党的宣传和活动。如坚持错误，组织将给以最为严厉制裁。”
陈独秀被开除党籍已成定局。一九二九年十一月十五日，根据共产国际执委会发来的指示信：“党应当实行无情的斗争，彻底清算陈独秀的机会主义路线，应该铲除自己队伍内暗藏的托洛斯基派和反对派”的意见为依据，中共政治局会议作出将陈独秀开除出党的决议。
一九四二年四月三十日，毛泽东在中共中央高级干部政治学习会上作《如何研究中共党的历史》报告时讲到：“陈独秀是‘五四运动’的总司令，是新文化运动的领袖。是我们中共“一大”到“五大”的五任总书记。他曾为中国共产党的创建和发展立下了汗马功劳……但是，现在还不是我们宣传陈独秀历史的时候，将来我们修中共党史乃至修中国历史，一定要讲一讲他的功劳。”
那么，中共为什么要让陈独秀替共产国际及斯大林，苏联人背了几十年的黑锅呢？其中的原因是错综复杂的。从个人因素来说，当时中共党内的决策层，如周恩来、瞿秋白、李立三等多数人慑于斯大林和共产国际的权威，他们想都没有敢往那方面想；后来的王明，博古，张闻天等莫斯科派来的“钦差大臣”，更是不可能为了还陈独秀一个公道，而使他们自己陷入窘境的。从中共的整体利益上来说，仅仅为了陈独秀，把这一历史责任归咎于斯大林的共产国际，将会严重损害布尔什维克的高大形象；所以在以后几十年里，中共与共产国际及斯大林的关系，无论多么脆弱，（甚至于在一九四三年六月共产国际解散后）中共为了彰显自己的一贯正确，更为了自身政治利益的需要，依然不惜以“牺牲”陈独秀为代价维持着历史的错误。
光阴荏苒，物换星移，一九七五年十一月三十日，病入膏肓的周恩来知道自己将不久于人世，为了在心里得到一点点可怜慰藉，同时任中共中央统战部长罗青长谈到 ‘不能忘记谁’的时候说：“陈独秀不是单纯的路线错误，他被开除党籍的主要直接原因，是在中东路问题上冒犯共产国际和斯大林，这在当时是犯了我们党的大忌。不管怎么说不能忘了他……”。
中共“六大”后，毛泽东、周恩来二人开始在政治上走上了不同的发展道路。毛泽东做了“革命的山大王”，在井冈山搞起了武装割据。与毛泽东的离经叛道相比，周恩来则显得循规蹈矩的多。他缺少毛泽东的那种特立独行，大开大合的领袖气魄。南昌暴动失败后，他并没有跳出“城市中心论”的窠臼，仍然劳师远征，南下广东，结果兵败潮汕，仓皇出逃，不得不乘一叶扁舟流亡香港。周恩来天性柔软，没有原则。他在长达八年成为中共的实际主持者期间，对莫斯科的指令是“惟命是从”，一切行为总是围绕着共产国际的指挥棒转。用周恩来在延安整风中检讨自己的话说：“是自己党内奴性思想作祟。”
在这种情况下，毛泽东的言行，自然为共产国际所不容而成为党内反倾向斗争的目标。毛、周之间的冲突就变得不可避免，再加上中共党内的斗争往往实行在政治上置人于死地的做法。用中共的斗争术语，叫做“残酷斗争，无情打击。”毛、周之间种种剪不断理还乱的历史积怨便由此而来。
“二月来信”揭开了毛、周冲突的序幕。一九二九年二月，周恩来根据共产国际代表布哈林：“必须分散红军主力，如果集中，不仅目标大，容易被敌人消灭。而且部队给养也难以保证，会吃光农村里最后一只母鸡。”的指示精神，起草了给毛泽东、朱德的指示信。要求他们把红军主力散入湘、灨乡村，搞土地革命。周恩来还要求毛泽东、朱德离开红军出国去苏联学习。随后周恩来还派刚从苏联回来的刘安恭，参加红四军的领导工作，任红四军政治部主任兼军委书记。
周恩来的“二月来信”是典型的高高在上，不切实际的照搬主义。红四军七大就是在这种背景下召开的，结果是毛泽东落选红四军前委书记，离开部队去到福建永定天子洞养病。一九二九年六月，陈毅出任红四军前委书记。随后的半年里红四军军心涣散，连吃败仗，陷入了严重的危机之中，最后闹得了不可收拾的地步。周恩来不得不于一九二九年九月，又给红四军发来指示信，要求：“在红四军中恢复毛、朱两同志的威信。毛泽东仍为红四军前委书记。”
周恩来的这封信“九月来信”，在中共历史上被称为“他善于调解党内矛盾，帮助毛泽东度过了难关。”而对周恩来的“二月来信”，却讳莫如深，谈及的很少，即使谈到也大多含糊其辞，一笔带过。而毛泽东日后对此一直耿耿于怀，怨恨难消。时常翻出来敲打周恩来。周恩来更是“闻之唯谨”。
另一件被周恩来自己认为：“一生中最大的错误和罪恶”的是一九三二年十月三日至八日的“宁都会议”。这是毛泽东、周恩来两人之间真正的过节，是毛、周关系史上的一大公案。这次毛泽东被完全剥夺军权，由周恩来取而代之，成为红一方面军的总政委。用毛泽东自己的话说：“宁都会议会议后，我成了茅坑里的石头，连鬼都不上门。”周恩来由此铸成了他一生的大错。
对于毛、周之间这段影响深远的历史公案，国外的看法大致认定是周恩来衔左倾中央之命，抢夺毛泽东的军权。国内对此则是轻描淡写，尽量为周恩来开脱。这完全是出于中共的政治考量。事实并非如此简单，要从周恩来一九三一年十二月，离开上海潜入江西，就任中共苏区书记的原因说起。一方面是上海中共机关的日子越来越难过，红军及根据地对中共的生存之地位越来越重要。另一方面是周恩来和瞿秋白一道主持纠正中共党内“立三路线”的错误时过于温和，（事实上李立三在其冒险计划中提出的“会师武汉，饮马长江”的口号，是同周恩来一起制定的，也是周自己错误估计形势的结果。）不合莫斯科的胃口，周恩来被戴上了“调和正义”的帽子，处境狼狈。
在共产国际的斥责与压力下，周恩来虽然被留在中央，却威信扫地。只是一个戴罪之身的留用人员。经过这一场打击后，周恩来元气大伤，党内斗争的残酷与叵测，特别是李立三违抗共产国际的下场。在他内心留下了无法抹去的阴影，他深感在中共党内“革命”，如履薄冰。使他面对共产国际更是战战兢兢，畏首畏尾，亦步亦趋，生怕越雷池一步。周恩来的临事而惧的个性，使他开始遵循“宁可犯政治错误，也绝对不犯组织错误。”的政治哲学，并且将其为之了一生。正是因为以上原因，周恩来到中共苏区起，完全让共产国际的“钦差大臣”王明教条宗派牵着鼻子走，唯“共产国际及斯大林”是从。宁都会议结束后，周恩来在给莫斯科的汇报电报中是这样评价毛泽东的：“……为人恣肆不羁，做事大而化之而又反复多变，谈问题海阔天空，不着边际，往往使人不知所云，不得要领……”
这是导致周恩来，博古，李德“三人团”后期在中央苏区肆无忌惮地推行错误的“左倾冒险主义的军事路线”，排挤和打击以毛泽东为首的苏区军事和政工干部的重要原因。最后的结果是周恩来，博古，李德的“三人团”断送了毛泽东和朱德率红军开辟出的中央苏区红火局面。共产党不得不放弃赖以生存发展的根据地，开始了漫无目标，前景堪忧，生死未卜的二万五千里长征。
对于周恩来在中共苏区的这一段，目前大陆学术界不是讳莫如深，避而不谈，就是轻描淡写，一笔带过。这显然是出于政治上的考虑而刻意为周遮掩这一段不光采的历史。但这样的话，这段历史就“断掉了”，就无法对宁都会议的前因后果作出实事求是的解释。因为它是导致毛泽东离开军事指挥一线的由头。
一九三三年二、三月间，周恩来在指挥红军强攻南丰不成时，不得不亲自“请教”受到过毛泽东“嫡传”的林彪。林彪临机应变，改强攻为佯攻。用大兵团伏击国民党的增援部队，接连在黄陂和草台岗，打了两个大胜仗。一举粉碎了国民党的第四次围剿。这一胜利使周恩来如释重负，一扫心中的郁闷之气。他还在中共苏区祝捷大会上，接受了红星奖章。一时令周恩来在苏区声名大振，风头甚健。
相比之下，坐着“冷板凳”的毛泽东则黯然失色，备受冷落。在宁都会议后，毛泽东曾向周恩来表示：“前方如有急事，可来电报，我即前去。”但是周恩来却一直未予理睬，把毛凉在一边，一头倒向以共产国际为靠山的王明教条宗派一边。更令毛泽东窝火的是，第四次反围剿的胜利，不仅使他东山再起的希望成为泡影，而且他长期以来在红军中所形成的地位面临着周恩来的挑战。在毛泽东看来，如果没有周恩来的帮衬吃莫斯科洋面包的王明教条宗派在中共苏区日子一天也混不下去。尽管他们气势汹汹，自称是“百分之百的布尔什维克”，处处拿“国际路线”压入。但他们在党内没有根基，如果不是周恩来鼎力相助。莫斯科派并不是他毛泽东的对手。
周恩来为人圆滑，善于在党内斗争中左右逢源，从来不会站在失败者一边。他在政治上随风倒，甘心为“洋房主先生”抬轿子。对毛派势力兴师问罪，以反“罗明路线”批斗邓小平、毛泽覃、谢维俊、古柏来肃清毛泽东在党内军内的影响力。这一点是毛泽东始终不能宽恕的，同时也是周恩来本人后来自觉懊悔愧疚的地方。
四十年后，周恩来在毛泽东的指令下，在中央批林批孔整风汇报会上，当着各地党、政、军负责人的面，以讲党内路线斗争为名。再一次历数自己在历史上反毛的错误，其中把宁都会议列为他本人“犯路线错误中最严重的罪行之一。”承认当时“执行王明路线在组织上尤其在军事上出大力的要算我周恩来。对此我一直感到痛心疾首。宁都会议后我未向主席求救过一次，现在反省起来，对照主席在宁都会议的临别赠言，我真无地自容。这是我个人思想没有得到改造，私心杂念作祟的缘故。怕掉乌纱帽，所以有些不同意见也不敢提。到宁都会议掌控了军权，那我就不是单纯怕掉乌纱帽的问题了，而是抢人乌纱帽的资产阶级私心进一步膨胀的问题了。” 由此可见在周恩来内心深处，他在宁都会议上是欠了毛泽东账的。
一九五八年一月，毛泽东在南宁会议期间，针对周恩来的“反冒进”，开展了“反反冒进”。并且敲打周恩来“离右派只是五十米啦！”他在一次同陶铸、周小舟、谭震林等党内高层小范围谈到“遵义会议”时说：“在出征路上，充分暴露了李德、周恩来、博古他们搞的那一套不行。他们那一套是从斯大林那里来的。每次政治局开会，我只有一票。后来我病了。王稼祥受了伤，我们两人都在担架上，在一起走，我就开始做稼祥的工作，他同意了我的许多意见。通过王稼祥又做了洛甫（张闻天）的工作。洛甫也转过来了。可是以后再做其它人的工作，就再也做不动了。他们死抱着斯大林的圣旨。每次政治局开会，都是三票对四票。我一票，稼祥一票，洛甫一票。他们那边，李德一个、周恩来一个、博古一个、朱德一个。老是这样，三对四，解决不了问题。后来军事形势更糟了，他们那一套实在搞不下去了。我就提出，我们不要老是开这样的会了，可以扩大一下。扩大到军团一级，这里面有赞成我的，也有赞成他们的，开一个政治局扩大会议来决定下一步的行动吧？周恩来、博古、朱德他们也同意了。这个会就是遵义会议。”
对于遵义会议，中共在提到周恩来的时候往往是说：“他对支持毛泽东起了决定的作用，他的党性保证了党的团结。”事实上如果周恩来对毛泽东要求开会，清算领导错误还有些踌躇的话，那么在面临中共生死存亡的关键时刻，他是别无选择的。遵义会议的结果并不取决于周恩来的态度，只是形式上最后由他拍板定夺罢了。
对此，周恩来自己在延安整风时是这样说的：“从湘、贵、黔交界处，毛主席、稼祥、洛甫就批评了军事路线，一路开会争论。从老山界到黎平，在黎平的争论尤为激烈。我开始对军事错误有所反省。我开始接受毛主席的意见，由此到了遵义会议上，我的态度就同博古他们有了区别。”
抗战爆发后，中共党内对出兵问题存在两种意见：一种愿意与国民党捐弃前嫌，共赴国难。以周恩来为主的大多数人都是持这种观点。毛泽东却迟迟按兵不动，刻意保存实力，以便日后同蒋介石争天下。毛泽东老谋深算的主张无疑对中共日后的发展更为有利。无奈曲高和寡，一时不为党内大多数人所接受。因而在于王明、周恩来的争斗中再一次处于下风。毛、周之间一度缓和的关系在抗战初期又再度出现了问题。
周恩来在一九三七年十二月二十五日的中共政治局会议上，面对共产国际的尚方宝剑，他附和着刚从莫斯科带回共产国际旨意王明。他严厉批评了毛泽东所强调的独立自主的主张。对毛泽东在国难当头，考虑中共党派自身利益，保存实力的做法表现了嗤之以鼻。称：“今天我党的中心任务是一切为了抗日，一切经过以国民党为主的抗日民族统一战线，一切服从抗日。”朱德、彭德怀、任弼时、博古、项英继周恩来之后也都对毛泽东委婉地提出了批评。
然而，毛泽东绝非等闲之辈，他熟谙权谋。懂得政治上的攻守之道。面对王明咄咄逼人的攻势，毛泽东采取以退为进的策略，让王明起草“十二月会议”决议，以化解斯大林的疑虑。自己则隔岸观火，而把骄傲自负的王明放在火上烤。在毛泽东看来，只会夸夸其谈的王明手上虽然持有莫斯科的尚方宝剑。处处以“钦差大臣”自居，他们在党内缺乏根基。不足为虑。但是一旦让周恩来他们“入股”，情况就不同了。毛泽东开始着手拆散王明与周恩来的联盟，以便分而治之。他先是将周恩来派驻武汉，组建中共中央长江局。并负责与国民党的谈判，而准备将王明留在延安。但当喜欢出风头，不愿困守在延安穷山沟的王明提出蒋介石要他“到武汉相助” 后。毛泽东顺水推舟，趁机调虎离山，同意王明留驻武汉。让他们的那一套“一切经过经过抗日民族统一战线”的幼稚主张，到国民党蒋介石那里碰钉子去。不知天高地厚的王明，欣然前往。这就造成了毛泽东坐镇中共大本营延安，以中央号令地方的局面。与此同时，毛泽东又将与王明一起回国的“密友”康生拉了过去。逐步扭转了在党内孤立的局面。
而对王明更为不利的是他在共产国际的靠山，一手扶植他上台的米夫在联共党内斗争中遭到整肃清洗。继任米夫在共产国际主管中国事务的季米特洛夫则对王明的印象不佳。在这种情况下，一九三八年九月十四日，受季米特洛夫委托，从莫斯科回来的王稼祥，在中共六届六中全会作了>，传达了共产国际及斯大林的指示：“共产国际执委会认为，中国共产党的领袖毛泽东同志，是一位久经考验的马克思列宁主义者。中国共产党的全体党员，应该拥护毛泽东同志。他是一位从中国革命的实际斗争中锻炼出来的领袖。在领导机构中要以毛泽东为首，其他同志要支持毛泽东。王明等人不要再争论了……。”
这对王明他们来说不啻是当头一瓢冷水，失望之余，不得不开始收敛。对毛泽东来说，更天助人意的是国际形势剧变。一九四一年六月，德国向苏联发起了突然袭击，战争初期，德军长驱直入，苏军节节败退，大半国土沦陷。局势岌岌可危。苏联在本身自顾不暇的情况下，匆匆宣布解散共产国际。王明的后台老板无疾而终，这令其政治对手毛泽东大大松了口气。于是毛泽东开始盘算在党内彻底清算历史老账的问题来了。他在一九四一年九月召开的中共政治局会议上，（史称九月会议）把中共在十年内战后期（一九三一年至一九三五年）所犯的错误，定性为路线斗争的高度来加以检讨和清算。
一九四三年三月二十日，在中共政治局扩大会议上，把王明、博古、张闻天、周恩来、王稼祥排除出局，改由毛泽东、刘少奇、任弼时三人组成了新的中共中央书记处。最终明确毛泽东的政治局主席和书记处主席职务。并且由政治局授予毛泽东最终决定权和机断权。
延安整风期间，毛泽东把党内各种力量分为三派：一是以王明为首的教条宗派，主要包括博古、张闻天、王稼祥、凯丰等人。二是以周恩来为首的经验宗派，成员大都像陈毅、彭德怀、朱德等人。三是以毛泽东本人为首的正确路线派，即党内的毛派。其中包括刘少奇、任弼时、邓小平、林彪、康生、彭真、高岗等人。正是因为周恩来、陈毅这批经验宗派员与王明、博古、张闻天这批教条宗派联手，才使毛泽东在党内长期处于孤立的地位，在江西苏区吃了不少苦头。
一九四三年三月，中共中央迭电催促长驻重庆的周恩来火速返回延安，参加中共党内高干的整风运动。周恩来一回到延安，毛泽东就给他来了个下马威，劈头盖脸地批评他在同胡宗南办交涉时破坏了党的纪律。（原来国民党强硬派想趁共产国际解散之机，欲以军事侵扰陕甘宁边区压中共在政治上做出让步。中央要求周恩来在回延安途中，随便到西安同国民党西北的最高军事将领胡宗南，交涉其部队侵扰陕甘宁边区一事。周恩来到西安后马上与胡宗南叙起了“师生之谊”。两天后，周恩来致电延安：胡宗南进攻边区的部署并未进入行动阶段，我党为此在延安召开万人大会，并且通电全国一事则对国民党刺激太甚。建议该通电在重庆、西安暂缓印发。）毛泽东毫不留情地指责周恩来这样做完全是顾虑自己个人的安全，不敢对国民党方面示强。并甩出了一句很重的话：“不要人在曹营心在汉！”
这对已经阔别延安三年的周恩来，无疑是一记当头棒喝。让他领教了早已今非昔比的毛泽东的威势。四十年后的一九七二年三月七日，周恩来在毛泽东的指令下，在中央批林批孔整风汇报会上，当着各地党、政、军负责人的面，以讲党内路线斗争为名。再一次历数自己在历史上反毛的错误，在谈到延安整风时说：“到王明投降时期，我的弱点暴露最多。一直到主席要我考虑是否也是王明，敌我不分。这才使我梦醒。”
一九四三年五月，中共在开始“延安整风”中，毛泽东在党内清算王明的同时，也没有放过周恩来。周恩来被指为“经验主义宗派的代表”、“教条主义统治的帮凶”，接受了党内的批判。周恩来是个绝顶聪明而又识时务的人，当他发现延安的政治形势大变，拥戴毛泽东已经成为党内的大势所趋，而毛泽东在清算王明的同时，正准备对他开刀的时候，周恩来立即采取主动行动，他在一九四三年六月二十六日中央办公厅为他举行的欢迎会上致辞说：“没有比这三年的发展再明白的了。过去一切反对过、怀疑过毛泽东同志领导或者有意见的人，现在彻头彻尾地证明是完全错误的。我们党二十二年的历史证明：毛泽东同志的意见，是贯穿着整个党的各个历史时期，发展成为一条马列主义中国化，也就是中国共产主义的正确路线！毛泽东同志的方向，就是中国共产党的方向！”周恩来从此开始洗心革面，由衷地拥戴和臣服于毛泽东的领导。并为自己选定了历史角色。
从一九四三年九月至从一九四三年十一月，经过三个月的整风学习和自我反省，周恩来熬过了他一生最为难挨的日子。他在党内高干中受到了最为严厉的批判，历时之久，火药味之浓。都是周恩来在以前、以后的党内斗争中从未有过的。其中对他的不少用语，诸如：“篡党”、“篡军”、“帮凶”等。甚至被威胁开除出党。令周恩来以后几十年中，每每想起，不寒而栗。他写下了三万多字的检讨提纲。从一九四三年十一月十五日起，周恩来在中共政治局会议上整整作了五天的检讨。他是在党内高干整风中检讨时间最长的一个。
周恩来按照毛泽东定下的调子，给自己上纲上线，戴帽子，泼污水，系统地清算了自己在历史上所犯过的错误，其中重点是中央苏区时期和抗战初期这两段。他承认自己：“……我身上有经验宗派之毒，再加上迷信共产国际并与教条宗派有思想上、气味上相头之处。所以不论在思想上、组织上都犯了极大的罪过，成为经验宗派的代表，教条统治的帮凶。迷惑人的危险人物。党的布尔什维克化的障碍。”
“……我在中央苏区为教条宗派肃清道路，造成了不可饶恕的罪过，其中心关键问题是反对毛主席。……我在中央苏区反对毛主席的过程主要分四个阶段：一、项英阶段，取消肃反为最高峰。二、王稼祥阶段，苏区党大会为最高峰。三、周恩来阶段，宁都会议上篡军为最高峰。四、博古、张闻天、周恩来阶段，五中全会上篡党、篡政、篡军完成为最高峰。……我在抗战初期又第二次犯了教条、经验宗派结合的罪过，其主要代表人物确如毛主席所说的为王明、周恩来、彭德怀、项英。第一次结合是经验投降教条、这一次没有周恩来、彭德怀、项英的拥护，教条宗派是建立不起统治的。我为教条宗派打了天下，为其开辟了天下。”
“……我是个破产的封建世家子弟。这个家庭给我的是好虚荣，包庇，爱面子，自私，世故，畏首畏尾，患得患失，头脑冲动的劣根性并未很好的铲除。加以幼年母性的教养，更增加了我的党内奴性、软弱性，便成为了我以后长时期富有妥协性缺乏原则性的根源。同时又带有破坏性。……我身上的动摇性是很明显的，政治上常常左右摇摆，特别是重要关头之转弯拐角时，把握不定。自私性表现在世故、怕得罪人和患得患失上。如我在宁都会议上表现。虚荣性表现在爱面子，不大愿意戳破自己和别人的痛处。常常原谅多于责备。同时，也养成了只注意表面不注意本质的毛病。冲动性表现在盲动和破坏纪律上。如武汉时期、洛川会议后，乃至在西安给主席的电报。、软弱性表现在我对党外人士中的迁就倾向。党内之畏首畏尾，奴性。如四中全会前后博古、张闻天、周恩来、李德时期。”
“经过大革命和白色恐怖的锻炼，坚定了我对革命的信心和决心。我做工作没有灰心过，在敌人公开压迫下没有胆怯过。在二十多年党的生活中，党的基本立场并未失去……。因之，位的品质上基本特点是调和性和缺乏原则性……。”
这场中共党内高层对王明为首的教条宗派和周恩来为首的经验宗派展开的清算斗争，达到了毛泽东预期的目的。在最后考虑处理意见时，毛泽东于一九四三年十二月二十二日，收到了季米特洛夫以他个人名义来自莫斯科的电报：“尊敬的毛泽东同志：不言而喻，共产国际解散以后，我们谁也不能干涉各国共产党的内部事务了。但出于个人友谊，我不得不对您讲，我认为，你们现在对王明和周恩来的批判在政治上是不利于党的团结的。我慎重地忠告毛泽东同志，为了党的利益，王明、周恩来不应该被开除出党。而应该保留他们，并为了党的事业，充分地使用好他们。”
毛泽东对季米特洛夫的劝告，当然不以为然。但也不能完全置之不理。共产国际虽然解散了，但毛泽东目前还要有求于莫斯科。因此绝不能把关系搞僵。况且季米特洛夫对他毛泽东取得无可争议的领袖地位，曾经起过至关重要的作用。而且中共党内在思想上已经归于一统。由刘少奇提议，毛泽东思想被作为与马克思列宁主义相提并论的“全党的指导思想”，写入了随后召开的中共七大党章。从而在中共党史上正式开启了“毛泽东时代”。在这种情况下，延安整风运动确实可以而且应该凯旋收兵了。
延安整风成为毛泽东、周恩来关系史上的重要关节。对周恩来以后的政治生涯产生了深刻的影响。在周恩来的心目中，毛泽东完全取代了以往共产国际的神圣地位，成为了真理和权威的化身。他对毛泽东的领导能力心悦诚服地给于了百分之百的认定。在以后长达三十多年的岁月里，毛泽东、周恩来之间一直保持着这种政治合作关系。他开始了隐忍退让，委曲求全的一生。不分是非，毫无原则地处处维护毛泽东。惟恐有损“天皇圣明”的形象，直到周恩来生命的终极。乃至身后留下了“逢迎之恶”的千古骂名。
